Normalmente, la vacuna tarda de dos a tres semanas en materializar su efecto protector. Durante el periodo en el que el cuerpo está inmunizándose es posible contraer el virus y enfermar, lo que no significa que la vacuna no funcione (sólo que no ha tenido suficiente tiempo para hacer efecto).
También puede ocurrir, aunque es raro, que en ese momento, los virus circulantes sean diferentes a los que incluye la vacuna. Otra posibilidad es que la infección se haya producido por otros agentes infecciosos que provocan enfermedades con síntomas similares a los de la gripe pero que, afortunadamente, suelen ser mucho más leves. Puesto que estos virus no están relacionados con el de la gripe, no se pueden prevenir a través de la vacuna antigripal.
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